Kabupaten Waropen adalah salah satu kabupaten di provinsi Papua, Indonesia. Ibukota kabupaten ini terletak di Botawa. Waropen merupakan pemekaran dari kabupaten Yapen Waropen pada tahun 2003, dengan pusat pemerintahan sebelumnya di Serui, Pulau Yapen.Dengan kondisi yang serba terbatas, tugas Pemerintah Kabupaten Waropen pada masa depan sangat menantang. Apalagi alat-alat komunikasi, seperti telepon, jarang ditemui di kabupaten ini di samping sulitnya transportasi. Tak heran, berbagai dinas dan instansi pemerintah di Waropen sulit dihubungi.
Suku-suku terasing yang biasa hidup berpindah-pindah masih banyak dijumpai jauh di dalam hutan. Suku-suku yang populasinya relatif besar antara lain suku Baudi di Kecamatan Waropen Atas serta suku Demisa dan suku Wairate di Kecamatan Waropen Bawah. Distrik : Demba • Inggerus • Kirihi • Masirei • Masirei Waropen Atas • Oadate • Risei Sayati • Soyoi • Ureifasi • Walani • Wapoga • Waropen Bawah • Wonti
Perekonomian kabupaten baru ini lebih bertumpu pada rerimbunan hutan dengan hasil produksi kayu. Saat ini tak kurang dari 9.500 hektare hutan di atas bumi Waropen, sebanding dengan 57 persen wilayah kabupaten ini. Dari angka itu, lebih dari separuh hutan yang berada di pesisir Selat Saireri berstatus hutan produksi dengan potensi kayu yang cukup besar.
Sampai tahun 2002, berbagai komoditas dari hutan memacu sektor pertanian menjadi tulang punggung ekonomi. Kayu bulat hingga hasil hutan bukan kayu, seperti damar, rotan, kulit mahoni, gaharu dan nipah menjadi komponen utama dalam sumbangan pertanian, yaitu 56,79 persen terhadap kegiatan ekonomi. Apabila perhitungan kegiatan ekonomi Waropen tahun 2003 telah selesai, diharapkan persentase yang dihasilkan akan berubah, mengingat sektor kehutanan mengalami perubahan kondisi.
